Le mot "Bonsaï" signifie "arbre taillé cultivé hors du sol". N'y voyez donc dans cet art aucune allusion à des spécimens nains. Tout l'art réside dans la culture en pot et la taille régulière, ce qui force l'espèce à rester de petite taille. Gardez à l'esprit que l'arbre reste le même que dans la nature, ainsi, même si l'arbre et ses feuilles sont miniaturisés, il n'en est pas de même pour les fruits qui eux restent identiques aux fruits du spécimen d'origine.

La culture des plantes en pots commence en Égypte il y a environ 4 000 ans, essentiellement pour des raisons pratiques, d'utilité et de mobilité. Les Chinois furent les premiers à cultiver des arbres en pot dans un but esthétique, à l'ère de la dynastie des Han (-206 à 220). À cette époque on ne parlait pas encore de bonsaï mais de penjing (représentation d'un paysage dans une coupe). Peu après, sous la dynastie Qin (220 - 581) apparaissent les pénzāi (arbre unique dans une coupe). La codification des bonsaï la plus connue en Occident est celle du Japon. L'art du bonsaï gagna le Japon aux environs des VIe et VIIe siècles avec les moines, qui amenèrent aussi le bouddhisme. Cet événement est confirmé par le célèbre rouleau du moine bouddhiste Honen Shonin de la période Kamakura (1192 à 1333), la représentation de petits arbres alignés dans des coupes. Or il faut savoir que les œuvres de ce moine retracent surtout la vie à la période Heian (794 à 1191). On peut donc raisonnablement en conclure que cet art apparut au Japon au plus tard en l'an 800. Sous la dynastie Yuan (1279 à 1368), des ministres et des marchands japonais vont ramener des arbres dans leur pays. Cependant cet art ne sera réellement intégré au Japon que lorsqu'un fonctionnaire chinois, Chu Shun-sui, fuyant la domination mandchoue en 1644, emportera sa collection avec lui. Il initiera ainsi quelques Japonais à la culture des futurs arbres en pot appelés bonsaï. Pendant longtemps les bonsaï furent réservés aux classes dominantes, féodales et religieuses, appréciant surtout les bonsaï colorés. Aujourd'hui, ce n'est plus le cas et bon nombre de Japonais s'adonnent à la culture du bonsaï, renouant ainsi avec les traditions ancestrales.

La première exposition nationale de bonsaï à Tōkyō date de 1914. La culture du bonsaï n'a été reconnue comme art au Japon qu'en 1934. Depuis lors une exposition annuelle se déroule au musée d'Art de la capitale. En Europe, le bonsaï a été introduit pour la première fois, lors de la troisième exposition universelle de Paris en 1878, puis dans une exposition privée en 1909 à Londres. La première allusion aux bonsaï a été faite par Paul Sédille dans la Gazette des Beaux-Arts de septembre 1878. En 1902, Albert Maumené publiait le premier essai sur les bonsaï. En 1904, une approche un peu plus sérieuse était faite par Henri Coupin. On peut constater sur ces documents d'archives que les bonsaï avaient des formes absolument différentes des bonsaï modernes. Leur codification actuelle date d'après la dernière guerre mondiale et a été principalement répandue par John Naka. Bien que cette forme de culture d'arbre en pot existait déjà au Moyen Âge dans nos régions (cf. les orangeraies), on n'avait encore jamais tenté de recréer la nature à si petite échelle. Il n'y a d'ailleurs que de lointains rapports entre les deux types de cultures. Aux États-Unis, lors de et après la Seconde Guerre mondiale, des bonsaï sont importés massivement du Japon. À partir de 1965, les bonsaï seront importés en grande quantité en Europe par Gerritt Lodder aux Pays-Bas puis par P. Lesniewicz en Allemagne. Il faudra attendre quelques années et Rémy Samson pour voir le bonsaï faire son apparition en France, où il connaîtra un engouement marqué, au milieu des années 1980.